選擇南京市高水平航道通航條件影響評價公司需要考慮以下幾個方面：

1. 資質和經驗：選擇具有相關資質和豐富經驗的評價公司，能夠更好地保障評價結果的準確性和可靠性。

2. 技術實力：評價公司需要具備先進的技術實力和專業的技術團隊，能夠采用先進的評價方法和工具，對航道通航條件進行全面、客觀、準確的評價。

3. 服務質量：評價公司需要提供優質的服務，包括及時響應、專業解答、細致入微的服務等，能夠滿足客戶的各種需求。

4. 價格競爭力：在保證服務質量的前提下，選擇價格合理的評價公司，能夠降低項目成本，提高項目的經濟效益。

綜上所述，選擇南京市高水平航道通航條件影響評價公司需要綜合考慮公司的資質、經驗、技術實力、服務質量以及價格等因素，并進行綜合比較和評估。